ABCA4 p.Asn58Lys
| ClinVar: |
c.174C>G
,
p.Asn58Lys
?
, not provided
|
| Predicted by SNAP2: | A: N (53%), C: N (53%), D: N (66%), E: N (72%), F: D (59%), G: N (66%), H: N (78%), I: N (53%), K: D (91%), L: D (53%), M: N (53%), P: N (57%), Q: N (78%), R: N (78%), S: N (82%), T: N (82%), V: N (57%), W: D (85%), Y: D (59%), |
| Predicted by PROVEAN: | A: D, C: D, D: D, E: D, F: D, G: D, H: D, I: D, K: D, L: D, M: D, P: D, Q: D, R: D, S: D, T: D, V: D, W: D, Y: D, |
[switch to compact view]
Comments [show]
None has been submitted yet.
[hide] Mutations in ABCR (ABCA4) in patients with Stargar... Invest Ophthalmol Vis Sci. 2001 Sep;42(10):2229-36. Briggs CE, Rucinski D, Rosenfeld PJ, Hirose T, Berson EL, Dryja TP
Mutations in ABCR (ABCA4) in patients with Stargardt macular degeneration or cone-rod degeneration.
Invest Ophthalmol Vis Sci. 2001 Sep;42(10):2229-36., [PMID:11527935]
Abstract [show]
PURPOSE: To determine the spectrum of ABCR mutations associated with Stargardt macular degeneration and cone-rod degeneration (CRD). METHODS: One hundred eighteen unrelated patients with recessive Stargardt macular degeneration and eight with recessive CRD were screened for mutations in ABCR (ABCA4) by single-strand conformation polymorphism analysis. Variants were characterized by direct genomic sequencing. Segregation analysis was performed on the families of 20 patients in whom at least two or more likely pathogenic sequence changes were identified. RESULTS: The authors found 77 sequence changes likely to be pathogenic: 21 null mutations (15 novel), 55 missense changes (26 novel), and one deletion of a consensus glycosylation site (also novel). Fifty-two patients with Stargardt macular degeneration (44% of those screened) and five with CRD each had two of these sequence changes or were homozygous for one of them. Segregation analyses in the families of 19 of these patients were informative and revealed that the index cases and all available affected siblings were compound heterozygotes or homozygotes. The authors found one instance of an apparently de novo mutation, Ile824Thr, in a patient. Thirty-seven (31%) of the 118 patients with Stargardt disease and one with CRD had only one likely pathogenic sequence change. Twenty-nine patients with Stargardt disease (25%) and two with CRD had no identified sequence changes. CONCLUSIONS: This report of 42 novel mutations brings the growing number of identified likely pathogenic sequence changes in ABCR to approximately 250.
Comments [show]
None has been submitted yet.
No. Sentence Comment
89 ABCR Sequence Changes Found in 118 Patients with Stargardt and 8 with CRD Patient ID Mutations (Amino Acid Based) Sequence Change (Nucleotide Based) Het/Hom Other Sequence Changes 21 Null Mutations 071-004 Met1Val ATG 3 GTC Het None 035-002* Ser84(insCAAA)30 251ins4 Het IVS36 ϩ 1G 3 A 034-039 Ser84(insCAAA)30 251ins4 Het Gly1961Glu 032-018 Arg152Ter23 CGA 3 TGA Het Arg2107Cys 032-005 Ala222(del13bp) 666del13 [AAAGACGGTGCGC] Het None 032-039 Ala222(del13bp) 666del13 [AAAGACGGTGCGC] Het None 032-060 [Ser278(delT); Arg1300Gln] [832delT; CGA 3 CAA] Het Pro1486Leu 032-066* Lys356Ter AAG 3 TAG Het Gln1513(insC) 032-072 - IVS13 ϩ 2T 3 C Het Val77Glu 032-073 Arg681Ter21 CGA 3 TGA Het Leu1388Pro 034-016 Ser1071(insGT)31 3212insGT Het None 032-065 Ser1071(insGT)31 3212insGT Het None 035-003 Ile1114(delC)5 3340delC Het Pro1380Leu 007-014* - IVS26 ϩ 1G 3 A Het Asn1345(insCA) 007-014* Asn1345(insCA) 4034insCA Het IVS26 ϩ 1G 3 A 032-066* Gln1513(insC) 4538insC Het Lys356Ter 032-010 Gln1513(insC) 4538insC Het None 032-024 Pro1570(delC)16 4710delC Het Gly1961Glu 032-016 Thr1721 (delAC) delete AC @ nt 5161 Het Thr1525Met 035-002* - IVS36 ϩ 1G 3 A23 Het Ser84(insCAAA) 034-031 Leu1741(del11) 5194del11 [GTGGTGGGCAT] Het Gly1961Glu 032-051 Trp1772Ter TGG 3 TGA Het None 032-022 - IVS41-2delA Het Gly1961Glu 032-081* Val1973(delG) 5917delG Hom None 034-017 Gly2100(delG) 6300delG Het Gly1961Glu 55 Missense and One In-Frame Deletion 032-020 Cys54Tyr15 TGC 3 TAC Het Gly863Ala 035-012 Cys54Tyr15 TGC 3 TAC Het Arg1108Cys 071-007 Cys54Tyr15 TGC 3 TAC Het Val935Ala 071-003 Asn58Lys AAC 3 AAG Het Leu1201Arg 032-069 Ala60Val15 GCG 3 GTG Het None 032-028 Gly65Glu16 GGA 3 GAA Het None 032-072 Val77Glu GTG 3 CAG Het IVS13 ϩ 2T 3 C 034-013 Gln190His CAG 3 CAC Het Gly1961Glu 032-076 Leu244Pro CTG 3 CCG Hom None 032-012 Pro309Arg CCA 3 CGA Het Arg1300Gln 032-054 Phe525Cys TTT 3 TGT Het Ile1846Thr 032-046 Arg537Cys CGT 3 TGT Het Val989Ala 034-038 Arg537Cys CGT 3 TGT Het Gly863Ala 032-095 Leu541Pro18 CTA 3 CCA Het None 034-022 Leu541Pro18 CTA 3 CCA Het Leu2027Phe 035-001 Leu541Pro18 CTA 3 CCA Het None 032-009 Leu541Pro18 CTA 3 CCA Het None 032-023 [Leu541Pro18 ; Ala1038Val27 ] [CTA 3 CCA; GCC 3 GTC] Het Gly863Ala 034-035 [Leu541Pro18 ; Ala1038Val27 ] [CTA 3 CCA; GCC 3 GTC] Het Gly863Ala 032-011 Ala549Pro GCC 3 CCC Het Gly1961Glu 032-044 Gly550Arg GGA 3 AGA Het None 032-085 Arg602Gln CGG 3 CAG Het Val643Met 032-090 Gly607Arg GGG 3 AGG Het Leu2027Phe 032-085 Val643Met GTG 3 ATG Het Arg602Gln 032-042 Val767Asp30 GTC 3 GAG Het Pro1486Leu 071-006 Val767Asp30 GTC 3 GAG Het Ile1562Thr 032-014 Leu797Pro CTG 3 CCG Het Pro1486Leu 032-038 Trp821Arg18 TGG 3 AGG Het None 034-045 Ile824Thr ATC 3 ACC Het Gly1961Glu 032-056 Gly863Ala5 GGA 3 GCA Het None 032-091 Gly863Ala5 GGA 3 GCA Het None 032-020 Gly863Ala5 GGA 3 GCA Het Cys54Tyr 032-023 Gly863Ala5 GGA 3 GCA Het [Leu541Pro; Ala1038Val] 034-011 Gly863Ala5 GGA 3 GCA Het Cys1488Arg 034-015 Gly863Ala5 GGA 3 GCA Het Thr1525Met 034-035 Gly863Ala5 GGA 3 GCA Het [Leu541Pro; Ala1038Val] 034-036 Gly863Ala5 GGA 3 GCA Het Cys2150Arg 034-038 Gly863Ala5 GGA 3 GCA Het Arg537Cys 071-007 Val935Ala GTA 3 GCA Het Cys54Tyr 032-043 Arg943Trp CGG 3 TGG Het Arg1108Leu 032-046 Val989Ala GTT 3 GCT Het Arg537Cys 071-005 Arg1108Cys18 CGC 3 TGC Het None Patient ID Mutations (Amino Acid Based) Sequence Change (Nucleotide Based) Het/Hom Other Sequence Changes 035-012 Arg1108Cys18 CGC 3 TGC Het Cys54Tyr 032-043 Arg1108Leu5 CGC 3 CTC Het Arg943Trp 032-097 Glu1122Lys18 GAG 3 AAG Het None 035-019 Glu1122Lys18 GAG 3 AAG Het None 071-003 Leu1201Arg15 CTG 3 CGG Het Asn58Lys 032-012 Arg1300Gln CGA 3 CAA Het Pro309Arg 032-068 Arg1300Gln CGA 3 CAA Het None 032-013 Pro1380Leu15 CCG 3 CTG Het Gly1961Glu 032-015 Pro1380Leu15 CCG 3 CTG Het Gly1961Glu 032-027 Pro1380Leu15 CCG 3 CTG Het Gly1961Glu 071-001 Pro1380Leu15 CCG 3 CTG Hom None 034-020 Pro1380Leu15 CCG 3 CTG Het Leu2027Phe 034-028 Pro1380Leu15 CCG 3 CTG Het Gly1961Glu 034-044 Pro1380Leu15 CCG 3 CTG Het Leu2027Phe 034-048 Pro1380Leu15 CCG 3 CTG Het Gly1961Glu 035-003 Pro1380Leu15 CCG 3 CTG Het Ile1114(delC) 032-073 Leu1388Pro CTG 3 CCG Het Arg681Ter 034-040 Trp1408Arg15 TGG 3 CGG Het Arg1640Trp 035-013 Trp1408Arg15 TGG 3 CGG Het Arg1640Trp 032-060 Pro1486Leu20 CCA 3 CTA Het [Ser278(delT); Arg1300Gln] 032-014 Pro1486Leu20 CCA 3 CTA Het Leu797Pro 032-025 Pro1486Leu20 CCA 3 CTA Het Asp1531Asn 032-042 Pro1486Leu20 CCA 3 CTA Het Val767Asp 034-011 Cys1488Arg15 TGC 3 CGC Het Gly863Ala 032-034 Cys1490Tyr15 TGC 3 TAC Het Ile1846Thr 032-084 Thr1525Met15 ACG 3 ATG Het Arg2139Trp 032-016 Thr1525Met15 ACG 3 ATG Het Thr1721(delAC) 032-021 Thr1525Met15 ACG 3 ATG Het None 032-041 Thr1525Met15 ACG 3 ATG Het None 034-015 Thr1525Met15 ACG 3 ATG Het Gly863Ala 032-049 Asp1531Asn15 GAC 3 AAC Het Gly1961Glu 034-019 Asp1531Asn15 GAC 3 AAC Het None 032-025 Asp1531Asn15 GAC 3 AAC Het Pro1846Leu 071-006 Ile1562Thr27 ATT 3 ACT Het Val767Asp 034-040 Arg1640Trp18 CGG 3 TGG Het Trp1408Arg 035-013 Arg1640Trp18 CGG 3 TGG Het Trp1408Arg 032-030* Arg1640Gln CGG 3 CAG Hom None 032-019 Pro1776Leu CCC 3 CTC Het Gly1961Glu 032-034 Ile1846Thr21 ATT 3 ACT Het Cys1490Tyr 032-054 Ile1846Thr21 ATT 3 ACT Het Phe525Cys 032-011 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Ala549Pro 032-013 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Pro1380Leu 032-015 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Pro1380Leu 032-019 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Pro1776Leu 032-022 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het IVS41-2delA 032-024 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Pro1570(delC) 032-027 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Pro1380Leu 032-040 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het None 032-049 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Asp1531Asn 034-013 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Gln190His 034-017 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Gly2100(delG) 034-021 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het None 034-025 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het None 034-028 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Pro1380Leu 034-031 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Leu1741(del11) 034-033 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het None 034-039 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Ser84(insCAAA) 032-050 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het None 034-045 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Ile824Thr 034-048 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Pro1380Leu 032-003 Gly1977Ser15 GGC 3 AGC Het Leu2027Phe 032-003 Leu2027Phe5 CTC 3 TTC Het Gly1977Ser 032-090 Leu2027Phe5 CTC 3 TTC Het Gly607Arg 034-006 Leu2027Phe5 CTC 3 TTC Het None 034-020 Leu2027Phe5 CTC 3 TTC Het Pro1380Leu 034-022 Leu2027Phe5 CTC 3 TTC Het Leu541Pro 034-044 Leu2027Phe5 CTC 3 TTC Het Pro1380Leu 035-011 Leu2027Phe5 CTC 3 TTC Het None 032-063 Arg2030Gln15 CGA 3 CAA Het None 032-093 Arg2030Gln15 CGA 3 CAA Het None 2232 Briggs et al. IOVS, September 2001, Vol. 42, No.
X
ABCA4 p.Asn58Lys 11527935:89:1599
status: NEWX
ABCA4 p.Asn58Lys 11527935:89:3628
status: NEW88 ABCR Sequence Changes Found in 118 Patients with Stargardt and 8 with CRD Patient ID Mutations (Amino Acid Based) Sequence Change (Nucleotide Based) Het/Hom Other Sequence Changes 21 Null Mutations 071-004 Met1Val ATG 3 GTC Het None 035-002* Ser84(insCAAA)30 251ins4 Het IVS36 af9; 1G 3 A 034-039 Ser84(insCAAA)30 251ins4 Het Gly1961Glu 032-018 Arg152Ter23 CGA 3 TGA Het Arg2107Cys 032-005 Ala222(del13bp) 666del13 [AAAGACGGTGCGC] Het None 032-039 Ala222(del13bp) 666del13 [AAAGACGGTGCGC] Het None 032-060 [Ser278(delT); Arg1300Gln] [832delT; CGA 3 CAA] Het Pro1486Leu 032-066* Lys356Ter AAG 3 TAG Het Gln1513(insC) 032-072 - IVS13 af9; 2T 3 C Het Val77Glu 032-073 Arg681Ter21 CGA 3 TGA Het Leu1388Pro 034-016 Ser1071(insGT)31 3212insGT Het None 032-065 Ser1071(insGT)31 3212insGT Het None 035-003 Ile1114(delC)5 3340delC Het Pro1380Leu 007-014* - IVS26 af9; 1G 3 A Het Asn1345(insCA) 007-014* Asn1345(insCA) 4034insCA Het IVS26 af9; 1G 3 A 032-066* Gln1513(insC) 4538insC Het Lys356Ter 032-010 Gln1513(insC) 4538insC Het None 032-024 Pro1570(delC)16 4710delC Het Gly1961Glu 032-016 Thr1721 (delAC) delete AC @ nt 5161 Het Thr1525Met 035-002* - IVS36 af9; 1G 3 A23 Het Ser84(insCAAA) 034-031 Leu1741(del11) 5194del11 [GTGGTGGGCAT] Het Gly1961Glu 032-051 Trp1772Ter TGG 3 TGA Het None 032-022 - IVS41-2delA Het Gly1961Glu 032-081* Val1973(delG) 5917delG Hom None 034-017 Gly2100(delG) 6300delG Het Gly1961Glu 55 Missense and One In-Frame Deletion 032-020 Cys54Tyr15 TGC 3 TAC Het Gly863Ala 035-012 Cys54Tyr15 TGC 3 TAC Het Arg1108Cys 071-007 Cys54Tyr15 TGC 3 TAC Het Val935Ala 071-003 Asn58Lys AAC 3 AAG Het Leu1201Arg 032-069 Ala60Val15 GCG 3 GTG Het None 032-028 Gly65Glu16 GGA 3 GAA Het None 032-072 Val77Glu GTG 3 CAG Het IVS13 af9; 2T 3 C 034-013 Gln190His CAG 3 CAC Het Gly1961Glu 032-076 Leu244Pro CTG 3 CCG Hom None 032-012 Pro309Arg CCA 3 CGA Het Arg1300Gln 032-054 Phe525Cys TTT 3 TGT Het Ile1846Thr 032-046 Arg537Cys CGT 3 TGT Het Val989Ala 034-038 Arg537Cys CGT 3 TGT Het Gly863Ala 032-095 Leu541Pro18 CTA 3 CCA Het None 034-022 Leu541Pro18 CTA 3 CCA Het Leu2027Phe 035-001 Leu541Pro18 CTA 3 CCA Het None 032-009 Leu541Pro18 CTA 3 CCA Het None 032-023 [Leu541Pro18 ; Ala1038Val27 ] [CTA 3 CCA; GCC 3 GTC] Het Gly863Ala 034-035 [Leu541Pro18 ; Ala1038Val27 ] [CTA 3 CCA; GCC 3 GTC] Het Gly863Ala 032-011 Ala549Pro GCC 3 CCC Het Gly1961Glu 032-044 Gly550Arg GGA 3 AGA Het None 032-085 Arg602Gln CGG 3 CAG Het Val643Met 032-090 Gly607Arg GGG 3 AGG Het Leu2027Phe 032-085 Val643Met GTG 3 ATG Het Arg602Gln 032-042 Val767Asp30 GTC 3 GAG Het Pro1486Leu 071-006 Val767Asp30 GTC 3 GAG Het Ile1562Thr 032-014 Leu797Pro CTG 3 CCG Het Pro1486Leu 032-038 Trp821Arg18 TGG 3 AGG Het None 034-045 Ile824Thr ATC 3 ACC Het Gly1961Glu 032-056 Gly863Ala5 GGA 3 GCA Het None 032-091 Gly863Ala5 GGA 3 GCA Het None 032-020 Gly863Ala5 GGA 3 GCA Het Cys54Tyr 032-023 Gly863Ala5 GGA 3 GCA Het [Leu541Pro; Ala1038Val] 034-011 Gly863Ala5 GGA 3 GCA Het Cys1488Arg 034-015 Gly863Ala5 GGA 3 GCA Het Thr1525Met 034-035 Gly863Ala5 GGA 3 GCA Het [Leu541Pro; Ala1038Val] 034-036 Gly863Ala5 GGA 3 GCA Het Cys2150Arg 034-038 Gly863Ala5 GGA 3 GCA Het Arg537Cys 071-007 Val935Ala GTA 3 GCA Het Cys54Tyr 032-043 Arg943Trp CGG 3 TGG Het Arg1108Leu 032-046 Val989Ala GTT 3 GCT Het Arg537Cys 071-005 Arg1108Cys18 CGC 3 TGC Het None IOVS, September 2001, Vol. 42, No. 10 ABCR in Stargardt Macular Degeneration Patient ID Mutations (Amino Acid Based) Sequence Change (Nucleotide Based) Het/Hom Other Sequence Changes 035-012 Arg1108Cys18 CGC 3 TGC Het Cys54Tyr 032-043 Arg1108Leu5 CGC 3 CTC Het Arg943Trp 032-097 Glu1122Lys18 GAG 3 AAG Het None 035-019 Glu1122Lys18 GAG 3 AAG Het None 071-003 Leu1201Arg15 CTG 3 CGG Het Asn58Lys 032-012 Arg1300Gln CGA 3 CAA Het Pro309Arg 032-068 Arg1300Gln CGA 3 CAA Het None 032-013 Pro1380Leu15 CCG 3 CTG Het Gly1961Glu 032-015 Pro1380Leu15 CCG 3 CTG Het Gly1961Glu 032-027 Pro1380Leu15 CCG 3 CTG Het Gly1961Glu 071-001 Pro1380Leu15 CCG 3 CTG Hom None 034-020 Pro1380Leu15 CCG 3 CTG Het Leu2027Phe 034-028 Pro1380Leu15 CCG 3 CTG Het Gly1961Glu 034-044 Pro1380Leu15 CCG 3 CTG Het Leu2027Phe 034-048 Pro1380Leu15 CCG 3 CTG Het Gly1961Glu 035-003 Pro1380Leu15 CCG 3 CTG Het Ile1114(delC) 032-073 Leu1388Pro CTG 3 CCG Het Arg681Ter 034-040 Trp1408Arg15 TGG 3 CGG Het Arg1640Trp 035-013 Trp1408Arg15 TGG 3 CGG Het Arg1640Trp 032-060 Pro1486Leu20 CCA 3 CTA Het [Ser278(delT); Arg1300Gln] 032-014 Pro1486Leu20 CCA 3 CTA Het Leu797Pro 032-025 Pro1486Leu20 CCA 3 CTA Het Asp1531Asn 032-042 Pro1486Leu20 CCA 3 CTA Het Val767Asp 034-011 Cys1488Arg15 TGC 3 CGC Het Gly863Ala 032-034 Cys1490Tyr15 TGC 3 TAC Het Ile1846Thr 032-084 Thr1525Met15 ACG 3 ATG Het Arg2139Trp 032-016 Thr1525Met15 ACG 3 ATG Het Thr1721(delAC) 032-021 Thr1525Met15 ACG 3 ATG Het None 032-041 Thr1525Met15 ACG 3 ATG Het None 034-015 Thr1525Met15 ACG 3 ATG Het Gly863Ala 032-049 Asp1531Asn15 GAC 3 AAC Het Gly1961Glu 034-019 Asp1531Asn15 GAC 3 AAC Het None 032-025 Asp1531Asn15 GAC 3 AAC Het Pro1846Leu 071-006 Ile1562Thr27 ATT 3 ACT Het Val767Asp 034-040 Arg1640Trp18 CGG 3 TGG Het Trp1408Arg 035-013 Arg1640Trp18 CGG 3 TGG Het Trp1408Arg 032-030* Arg1640Gln CGG 3 CAG Hom None 032-019 Pro1776Leu CCC 3 CTC Het Gly1961Glu 032-034 Ile1846Thr21 ATT 3 ACT Het Cys1490Tyr 032-054 Ile1846Thr21 ATT 3 ACT Het Phe525Cys 032-011 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Ala549Pro 032-013 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Pro1380Leu 032-015 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Pro1380Leu 032-019 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Pro1776Leu 032-022 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het IVS41-2delA 032-024 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Pro1570(delC) 032-027 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Pro1380Leu 032-040 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het None 032-049 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Asp1531Asn 034-013 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Gln190His 034-017 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Gly2100(delG) 034-021 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het None 034-025 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het None 034-028 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Pro1380Leu 034-031 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Leu1741(del11) 034-033 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het None 034-039 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Ser84(insCAAA) 032-050 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het None 034-045 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Ile824Thr 034-048 Gly1961Glu27 GGA 3 GAA Het Pro1380Leu 032-003 Gly1977Ser15 GGC 3 AGC Het Leu2027Phe 032-003 Leu2027Phe5 CTC 3 TTC Het Gly1977Ser 032-090 Leu2027Phe5 CTC 3 TTC Het Gly607Arg 034-006 Leu2027Phe5 CTC 3 TTC Het None 034-020 Leu2027Phe5 CTC 3 TTC Het Pro1380Leu 034-022 Leu2027Phe5 CTC 3 TTC Het Leu541Pro 034-044 Leu2027Phe5 CTC 3 TTC Het Pro1380Leu 035-011 Leu2027Phe5 CTC 3 TTC Het None 032-063 Arg2030Gln15 CGA 3 CAA Het None 032-093 Arg2030Gln15 CGA 3 CAA Het None 2232 Briggs et al. IOVS, September 2001, Vol. 42, No. 10 TABLE 1 (continued).
X
ABCA4 p.Asn58Lys 11527935:88:1599
status: NEWX
ABCA4 p.Asn58Lys 11527935:88:3706
status: NEW[hide] Identification of three ABCA4 sequence variations ... Am J Ophthalmol. 2013 Dec;156(6):1220-1227.e2. doi: 10.1016/j.ajo.2013.07.008. Epub 2013 Sep 4. Utz VM, Chappelow AV, Marino MJ, Beight CD, Sturgill-Short GM, Pauer GJ, Crowe S, Hagstrom SA, Traboulsi EI
Identification of three ABCA4 sequence variations exclusive to African American patients in a cohort of patients with Stargardt disease.
Am J Ophthalmol. 2013 Dec;156(6):1220-1227.e2. doi: 10.1016/j.ajo.2013.07.008. Epub 2013 Sep 4., [PMID:24011517]
Abstract [show]
PURPOSE: To describe the clinical and molecular findings in ten unrelated African American patients with Stargardt disease. DESIGN: Retrospective, observational case series. METHODS: We reviewed the clinical histories, examinations, and genotypes of 85 patients with molecular diagnoses of Stargardt disease. Three ABCA4 sequence variations identified exclusively in African Americans were evaluated in 300 African American controls and by in silico analysis. RESULTS: ABCA4 sequence changes were identified in 85 patients from 80 families, of which 11 patients identified themselves as African American. Of these 11 patients, 10 unrelated patients shared 1 of 3 ABCA4 sequence variations: c.3602T>G (p.L1201R); c.3899G>A (p.R1300Q); or c.6320G>A (p.R2107H). The minor allele frequencies in the African American control population for each variation were 7.5%, 6.3%, and 2%, respectively. This is comparable to the allele frequency in African Americans in the Exome Variant Server. In contrast, the allele frequency of all three of these variations was less than or equal to 0.05% in European Americans. Although both c.3602T>G and c.3899G>A have been reported as likely disease-causing variations, one of our control patients was homozygous for each variant, suggesting that these are nonpathogenic. In contrast, the absence of c.6320G>A in the control population in the homozygous state, combined with the results of bioinformatics analysis, support its pathogenicity. CONCLUSIONS: Three ABCA4 sequence variations were identified exclusively in 10 unrelated African American patients: p.L1201R and p.R1300Q likely represent nonpathogenic sequence variants, whereas the p.R2107H substitution appears to be pathogenic. Characterization of population-specific disease alleles may have important implications for the development of genetic screening algorithms.
Comments [show]
None has been submitted yet.
No. Sentence Comment
73 This sequence variation has been found commonly in patients with ABCA4-associated disease43 and is proposed to be in linkage disequilibrium with a pathogenic mutation.27 Patient 8 had a c.174C>G sequence variation (p.N58K) that was predicted to be pathogenic in a study by Briggs and associates.44 The c.6286G>A (p.E2096K) variant identified in patient 9 is likely to be a pathogenic mutation20 and was located in nucleotide binding domain 2; it reduces adenosine triphosphate enzymatic (ATPase) activity in biochemical studies.42 SEQUENCE VARIATION STUDIES: The three sequence variations detected in the African American patients with Stargardt disease were studied in control African American patients.
X
ABCA4 p.Asn58Lys 24011517:73:219
status: NEW88 3113C>T (p.A1038V) 15 c.1937&#fe;1G>C (N/A) 0 7 c.6320G>A (p.R2107H) 0 c.IVS38-10T>C (N/A) 10 8 c.6320G>A (p.R2107H) 0 c.174C>G (p.N58K) 0 9 c.6320G>A (p.R2107H) 0 c.6286G>A (p.E2096K) 0 10 c.6320G>A (p.R2107H) 0 cDNA &#bc; complementary DNA; N/A &#bc; not applicable; % Popn &#bc; percentage of patients in the remaining population with the specific sequence variation; Pt &#bc; patient.
X
ABCA4 p.Asn58Lys 24011517:88:131
status: NEW